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長崎市の北部を流れる樫山川の周辺は、良好な自然環境を残しています。
中島川の支流である西山川の上流には西山ダムがあります。このダムへの流れ込み口の所は、川沿いを散歩ができるように整備されています。
眼鏡橋などの石橋群で有名な中島川は、散歩コースとしても最適な場所です。左岸側は現在、バイパス工事がされていますが、上部には公園も併せて整備されます。
長崎市の南部地区にあるえがわ運動公園のそばを流れる江川川では、階段が設置され水に触れられるようになっています。
三和地区を流れる蚊焼大川の上流ではホタルが見られます。