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総務計画係
●保健所等の経理・連絡調整。
●夜間急患センターの運営…長崎市夜間急患センターの運営をします。

医事統計係
●医療従事者免許…医師、看護師等の免許登録、書換、再交付等の申請（届）を受け付けています。
●医療施設登録…病院、診療所等の医療施設の開設、変更、廃止等の申請（届）を受け付けています。
●保健衛生統計調査…国民生活基礎調査、人口動態統計調査等保健衛生に関する調査を実施しています。

疾病対策係
●結核・新型インフルエンザ等の感染症予防活動…結核や新型インフルエンザ等の感染症にかかった人の療養上の相談や感染防止のための相談・接触者検診等を行っています。
●高齢者のインフルエンザ予防接種を医療機関に委託して行っています。

精神保健係
●相談・訪問…心の病気やそれにまつわる生活上の問題についての相談に応じ、必要により保健師が家庭訪問をします。
●社会復帰対策…在宅の精神障害者の方の社会復帰を支援するため、グループ活動等を開催します。
●普及・啓発活動…心の病気を理解するための各種教育やセミナーの開催、精神保健福祉ボランティアの育成等を行います。

●新型コロナウイルス感染症に関することを行っている
ホームページ：新型コロナウイルス特設サイト