弘治の頃(1555〜57)、信濃の諏訪社から御霊分けされ、当初現在の寺町にある長照寺付近に祀ってあったといわれている(その名残りとしてこの辺りは現在も諏訪町である)。
戦国時代、キリシタン大名・大村氏の領地となり他教を排斥したため、市内の社寺は破壊されてしまったが、肥前唐津の初代宮司・青木賢清(けんせい)が長崎奉行・長谷川権六に願い出て、森崎大権現、住吉大明神、諏訪大社の3社を合祀して再興、長崎の産土神(うぶすながみ)として寛永元年(1624)、現在の松森神社の場所に建立した。その後慶安元年(1648)、現在の場所に移築。
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