情報統計課を総務部から新設する「情報政策推進部」に移管する。
移住支援室を長崎創生推進室に統合する。
財政課を企画財政部から財務部に移管する。
財産活用課で行っていた庁舎管理業務を総務部へ移管し「庁舎管理課」を設置し、財産活用課の財産管理業務と資産経営室の土地の有効活用業務等を併せ、「資産経営課」として再編する。
地域コミュニティ推進室を、企画財政部から、自治会をはじめとした地域コミュニティを形成する上での関連が深い市民生活部に移管する。
市民の生命と健康に重大な影響を与える恐れがある感染症の発生と蔓延、健康危機に備えるための対策をより専門的で機動的に推進していく体制を整備するため、地域保健課のうち感染症に関する事務を所掌する疾病対策係とワクチン接種を推進する新型コロナウイルスワクチン接種事業室を統合し、感染症対策及び健康危機管理対処などを所管する「感染症対策室」を設置する。
産業雇用政策課及び商工振興課で行っていた企業誘致、創業支援、オープンイノベーション、スタートアップ、ものづくり支援、製造業の振興などに関する業務を、独立して実施するため「新産業推進課」新設し、商工振興課とふるさと納税推進室を統合し、「商業振興課」として再編する。

名称変更

市長直下の情報政策推進室を、新設する「情報政策推進部」に移管することに伴い、「DX推進課」に名称変更する。
企画財政部から企画部門と財政部門を分離し、財政部門を理財部へ移管することに伴い、企画財政部を「企画政策部」に、理財部を「財務部」に名称変更する。
商工部を「経済産業部」に名称変更する。

廃止

「秘書広報部」を廃止し、東京事務所を市長直下の所属とし、秘書課・広報広聴課・国際課を企画政策部に移管する。
市庁舎建設の終了に伴い、「大型事業推進室」を廃止する。

令和5年8月1日実施の組織改正の概要

新設

令和6年秋の長崎スタジアムシティ開業による効果が、地域経済やスポーツなどあらゆる分野へ大きく波及することを目指し、開業前からまち全体の機運を醸成するため、「スタジアムシティ連携推進室」を新設する。
更新時期を迎えた浦上浄水場及び道ノ尾浄水場を廃止し、近隣の長与町と共同で新たな浄水場を整備するにあたり、効率的に業務を遂行するため「新浄水場整備室」を新設する。

再編

水産農林部の施設整備業務を集約し、漁港施設及び農林業施設（農道・林道等）の適切な整備、維持管理に係る総合調整業務を円滑に実施するため「水産農林整備課」を設置する

令和5年4月21日実施の組織改正の概要

新設

低所得世帯等への臨時特別給付金に関する業務を所管する所属として、「臨時特別給付金室」を新設する。

令和5年4月1日実施の組織改正の概要

再編

「生涯学習課」を再編し、活き活きと学び活動できる仕組みづくりと支援を行う「生涯学習企画課」とまなびの拠点となる施設の充実やあり方の検討・整備を行う「生涯学習施設課」を設置する。

名称変更

「施設課」を「学校施設課」に名称を変更する。

廃止

「広報広聴課」との統合に伴い、「広報戦略室」を廃止する。
臨時特別給付金に関する業務の終了に伴い、「臨時特別給付金室」を廃止する。

令和5年1月1日実施の組織改正の概要

廃止

指定管理移行に伴い、出先機関である「市立図書館」を廃止する。

令和4年10月28日実施の組織改正の概要

廃止

出先機関である「いこいの里管理センター」を廃止する。

令和4年10月1日実施の組織改正の概要

廃止

養護老人ホーム高砂園の廃止に伴い、「高砂園」を廃止する。

令和4年4月1日実施の組織改正の概要

新設

「地球温暖化対策実行計画」をもとにゼロカーボンシティ長崎の実現に向けて、今後、市民、事業者、行政が一丸となって環境行動を促進していくための所属として、「ゼロカーボンシティ推進室」を新設する。

再編

子育て支援課とこども健康課を再編し、政策的な業務を行う「こども政策課」と専門職の職員を中心に母子保健業務及び相談業務を行う「子育てサポート課」を設置する。
空き家対策を含む住宅政策をより一層推進する「住宅政策室」を設置するとともに、部内の業務の割振りを見直し、住宅課を廃止し、市営住宅の管理等を行う「建築総務課」を設置します。